Στις 16 Ιουλίου 2003 η ομάδα των 15 ιδρυτικών μελών του Ινστιτούτου συναντήθηκε στις εγκαταστάσεις του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών στην Αθήνα για να υπογράψει το καταστατικό του νεοσύστατου Ινστιτούτου Ενέργειας για τη ΝΑ Ευρώπη (ΙΕΝΕ) και να συζητήσει τις προοπτικές του στο τότε ταχέως μεταβαλλόμενο οικονομικό και κοινωνικό περιβάλλον της Νοτιοανατολικής Ευρώπης. Οι τεράστιες γεωπολιτικές αλλαγές που συγκλόνισαν την Ευρώπη και τον κόσμο, μετά την πτώση του Τείχους του Βερολίνου και την κατάρρευση των κομμουνιστικών καθεστώτων στην Ανατολική Ευρώπη, ήταν ακόμη νωπές και οι ουσιαστικές πολιτικές και ενεργειακές αλλαγές στη ΝΑ Ευρώπη ήταν ακόμη σε πρώιμο στάδιο. Η «Ενεργειακή Κοινότητα» (EnergyCommunity) δεν είχε καν συσταθεί (ιδρύθηκε μετά από πρωτοβουλία της Ελλάδας το 2005), ενώ η Αθήνα, όπου εδρεύει το Ινστιτούτο, έπαιζε τότε ηγετικό ρόλο στον ενεργειακό μετασχηματισμό της περιοχής.
Η ιδρυτική ομάδα του Ινστιτούτου αποφάσισε εξαρχής να επικεντρώσει τις δραστηριότητες του στην ευρύτερη περιοχή της Νοτιοανατολικής Ευρώπης, συμπεριλαμβανομένης της Τουρκίας και της Ανατολικής Μεσογείου, καθώς πίστευε, και πιστεύει, ακράδαντα ότι τα μείζονα ενεργειακά ζητήματα πρέπει να εξετάζονται και να αντιμετωπίζονται σε περιφερειακή βάση. Οι ιδρυτικοί εταίροι του ΙΕΝΕ ήταν πεπεισμένοι ότι μόνο μέσω μιας περιφερειακής προσέγγισης θα μπορούσαν να συμβάλουν εποικοδομητικά στην επίλυση των φαινομενικά, τότε, δυσεπίλυτων προβλημάτων, όπως η απελευθέρωση της αγοράς ενέργειας και η ενεργειακή ασφάλεια. Αξίζει να σημειωθεί ότι η απανθρακοποίηση του ενεργειακού συστήματος δεν είχε ακόμη αναδειχθεί σε ζήτημα ύψιστης προτεραιότητας.
Μετά από 21 χρόνια, και φτάνοντας αισίως στο 2024 το Ινστιτούτο έχει καταφέρει να καθιερωθεί ως ένα από τα κορυφαία ενεργειακάthinktank της ΝΑ Ευρώπης με συνεχή παρουσία σε πληθώρα χωρών μέσω της διεξαγωγής περιφερειακών ερευνών και μελετών και της διοργάνωσης εκδηλώσεων και συναφών δραστηριοτήτων. Το σημαντικότερο από αυτά είναι ο ετήσιος «Ενεργειακός Διάλογος ΝΑ Ευρώπης» (SEEEnergyDialogue), ο οποίος ξεκίνησε το 2007 στη Θεσσαλονίκη και τον περασμένο μήνα γιόρτασε τα 15 του χρόνια. Η σημαντική μελέτη του ΙΕΝΕ, το «TheSEEEnergyOutlook», η οποία βρίσκεται τώρα στην 4η έκδοσή της (υπό προετοιμασία), είναι μια ακόμα βαρύνουσας σημασίας δράση. Η δημιουργία ενεργειακών γεφυρών στην περιοχή αποτελεί μια ακόμη προτεραιότητα, όπως απέδειξε έμπρακτα το πρόσφατο 1ο Ελληνοτουρκικό Ενεργειακό Φόρουμ, που διοργάνωσε με επιτυχία το Ινστιτούτο στην Κωνσταντινούπολη στις 25 Απριλίου 2024.
Συνολικά, η αδιάληπτη ενασχόληση του Ινστιτούτου με τα ενεργειακά θέματα, κυρίως μέσω της τακτικής έκδοσης ενημερωτικών δελτίων και αναλύσεων, καθώς και η συμμετοχή του σε δημόσιες διαβουλεύσεις και στον δημόσιο διάλογο γενικότερα, είναι ενδεικτική της δέσμευσής του για την καλύτερη κατανόηση και αξιολόγηση των πολύπλοκων ενεργειακών και περιβαλλοντικών ζητημάτων που αντιμετωπίζει η κοινωνία μας. Στο πλαίσιο αυτό, ο ρόλος του ΙΕΝΕ στο σημερινό οικονομικό και κοινωνικό περιβάλλον στην Ελλάδα και στην Νοτιοανατολική Ευρώπη είναι καθοριστικός, ενώ οι εταίροι, τα μέλη και οι οργανισμοί που το υποστηρίζουν είναι αποφασισμένοι να ενισχύσουν την περαιτέρω ανάπτυξη και πρόοδο του Ινστιτούτου.